暗部

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暗部的紋身

全稱「暗殺戰術特殊部隊」。如果以現實世界來說，任務性質類似美國的中央情報局（情蒐、暗殺、保護重要人物）；組織編制則與中華民國的憲兵特勤隊相似（由國家元首直轄）。暗部是從村內被挑選的優秀忍者所組成，所有的隊員均精通身體構造，深明人體弱點。而為了區分出暗部和一般的忍者，以及隱藏他們的真正身份，成員們都要戴著白色瓷面具。此外，他們亦有一套標準的制服：黑色的短衣、灰色的保護服、謢臂，並且在手臂上刺有螺旋形記號的紋身。有的時候暗部隊員亦會外披一件披風在身上（暗部的披風為黑色，原「根」成員的披風則多為白色）。與一般的忍者不同，每一名暗部都會配帶忍者刀並繫在背上，為了保護忍村在瀕臨死亡之際必須讓自己死不留屍。每個忍者村的面具都不大一樣，木葉暗部是動物面具、砂忍是鬼面具、霧忍是花紋面具（追忍）。

暗部的工作主要是負責保護影和忍者村的安全、在敵國執行高風險的任務如間諜或暗殺、出仕可能涉及與S級忍者對決的任務。由於暗部直屬於影，所以工作亦由影直接委派，而且任務性質及其他一切資料均屬保密，一切行動及功績都不會公開。暗部組織也有自己基本的忍術，如定身術（金縛りの術，Kanashibari no Jutsu，可使敵人全身麻痺，然後再施以攻擊）及時逆之術（Jigyaku no Jutsu，對某人施以催眠術，然後讓他回憶起連本人也無法記起的經歷）。

在火影故事中擔任暗部的主要角色有：旗木卡卡西（前木葉暗部分隊長），宇智波鼬（13歲成為木葉暗部分隊長），森乃伊比喜（木葉暗部拷問部隊隊長）、黑鋤雷牙（霧忍村暗部）、卯月夕颜和天藏。

追忍

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全稱「追殺忍者部隊」。負責追殺叛忍的忍者，通常只留下叛忍的頭顱作為任務完成的證明，而其他部份則會用不同方式來處理，如以火葬或召喚烏鴉啄食殘體。他們亦必須立刻處理掉屍體，以避免屍體落入其他忍村手中，使自己忍村內的資料外泄，如忍者的查克拉類型、忍術、所用藥物類型、血繼限界等。正因為他們常常要處理屍體，故他們對人體結構方面的知識是相當清晰及詳細，所以追忍也被通稱為屍體處理班。

第一部中，白就曾用自己過去在霧隱所戴的追忍面具，表面上偽裝成奉命追殺叛忍桃地再不斬，但實際上卻是為了救走再不斬的策略。第二部中，霧忍青在471話提及自己曾效力於此組織，因此對封印忍術特別有一套。

根

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又稱「暗部培訓部門」。由鷹派元老志村段藏在木葉暗部中建立的獨立機動部隊，其成員是直接隸屬於段藏，而不是火影。雖然「根」已在第三代火影猿飛日斬的命令下解散，但仍有其成員待在暗部，甚至繼續效忠段藏。在漫畫中幾次密會的「根」成員都是身著白色披風，推測是過去「根」的統一裝扮。培因入侵木葉時，段藏曾命令「根」成員不去支援木葉，並認為達成自己野心的小小犧牲不足為道。

已知「根」成員有：祭、寺井、山中風、油女斗留音等。

所謂「根」之人

沒有名字、沒有情感

沒有過去、沒有未來

只有任務

在背後支撑起木葉村這棵大樹的是深扎於大地之中的......我等「根」的意志

—根之訓言

你是沐浴陽光的木葉，我是黑暗中的根

—志村段藏

木葉警務部隊

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負責制訂村中的律例，同時加強並維持木葉隱村的秩序、治安以及逮捕有犯罪事實的忍者，類似現實世界的警察單位。由第二代火影所創立，許多宇智波族人都隸屬其中的第一分隊。標誌為飛鏢中央有宇智波家族的家徽——扇子，亦代表了宇智波一族的光榮。鼬的父親、身為族中的代表宇智波富嶽就在總部工作。鼬未進入暗部前，跟弟弟佐助有同一個夢想，就是在木葉警務部隊中工作。不過警務部隊的職權也有限，例如涉及暗部的事情，他們無法插手。而且警務部隊被視為第二代火影為阻止宇智波一族背叛的手段，表面上是彰顯信賴所設立，然而其受到暗部的監視，導致後來宇智波一族意圖謀反，但在行動前夕反遭自己的族人宇智波鼬滅族，而木葉警務部隊也走入歷史。

木葉村二十小隊

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火之寺事件後，由綱手命令靜音立刻調動及組成的大規模小隊組織。事緣於「曉」成員飛段及角都入侵火之國，並在火之寺中進行大規模屠殺，把前「守護忍十二士」之一的地陸殺死，之後一名死裡逃生的僧人前來匯報，方知此事的發生。故綱手決定派出多個小隊追蹤、逮捕，並下令有需要的情況下殺死「曉」的成員。已知的兩個小隊為：（第一隊）上忍猿飛阿斯瑪、中忍奈良鹿丸、神月出雲、鋼子鐵；（第二隊）特別上忍山城青葉、並足雷同、中忍秋道丁次、山中井野。最後猿飛阿斯瑪亦於與飛段的對決中不幸戰死。